La ville de Cusco devient véritablement la Capitale de l’Empire Inca, le jour où l’Inca Pachacutec gagne ses premières grandes batailles contre les peuples alentours et commence à transformer la ville pour qu’elle devienne un grand carrefour, digne de l’Empire qu’il est en train de construire. Dans ce but, il décide de donner à la ville la forme de l’un des trois principaux animaux de pouvoir de la cosmovision andine : le Puma. En effet, celui-ci représente la force et le pouvoir dans le monde du milieu, celui des hommes ; bâtir la ville sur ce modèle, c’est montrer au monde que Cusco est la ville la plus forte et la plus puissante, politiquement, du monde andin.
Se met en place, alors, une planification très méticuleuse de l’organisation de la ville et l’installation d’un certain nombre de sanctuaires et de hauts lieux stratégiques pour la nouvelle capitale impériale : en fonction de la position des astres, il fallait régir le rythme de vie agricole, les célébrations religieuses et les évènements de la vie sociale. Le site de Sacsayhuaman, du haut de sa colline, devient alors la tête du Puma : on y célèbre des rites religieux, il sert de porte d’entrée protectrice de la ville et d’observatoire céleste. Les murailles en forme de zigzag seraient même les crocs du félin. Le cœur de la ville est, sans surprise, la Place Centrale, à l’époque une grande esplanade où se célébraient les plus importantes fêtes incas. Colonne vertébrale qui reliait la tête et le cœur, la rue Pumakurka descend de la colline pour rejoindre la Place centrale. Enfin, les deux fleuves qui délimitaient la ville, le Huatanay et le Tullumayo, se rejoignent au sortir de la ville, formant la queue du Puma.
Aujourd’hui, la ville s’est tellement étendue qu’il est difficile de voir la forme d’un puma dans l’architecture actuelle. Cependant, en se penchant sur les dessins des chroniqueurs espagnols, on peut effectivement saisir la forme d’un puma, tête, poitrine, pattes et queue.