La conquête espagnole des territoires du Nouveau Monde aura connu deux temps forts : d’abord la conquête politique, obtenue par la force en peu de temps, et la conquête des esprits, plus difficile à obtenir, car sur le long terme. Si l’épée réussit à soumettre par la peur, c’est le lavage de cerveau religieux qui permettra aux Espagnols de gagner pleinement et complètement la bataille sur les autochtones.
Evangéliser ces populations païennes et condamnées au feu éternel de l’Enfer pour ne pas croire au Dieu chrétien, c’est le but que se fixent toutes les sectes chrétiennes qui arrivent sur ces territoires inconnus : Jésuites, Franciscains, et autres se lancent rapidement dans une compétition féroce pour ramener le plus de monde à soi. Première étape : frapper les esprits, impressionner, instiller la peur et le respect. Il faut donc construire, du grand et de l’imposant : d’où la multitude d’églises qui poussent comme des champignons aux quatre coins du pays. On déverse une bonne partie de l’or pillé dans les monuments religieux, comme pour montrer où doit aller la nouvelle allégeance.
Mais pour décorer ces églises, il faut des peintures, des sculptures, de l’art. Il faut aussi instruire ces peuples, souvent peu éduqués, qui ne se savent ni lire ni écrire, et qui souvent dominent mal la langue du colonisateur : l’œuvre d’art prend alors une dimension très didactique. Commence alors la formation de toute une génération d’artistes autochtones, dans but qu’ils abreuvent de leurs pièces les églises nouvellement construites et qu’ils travaillent à convertir les autochtones récalcitrant à la Parole Divine.
Mais ces artistes ne répondent pas stricto sensu à la demande des « padrecitos » (prêtres) : ils incorporent, aux scènes commandées, des éléments de leur culture andine et de leur cosmovision. Ainsi, la Vierge Marie est représentée comme une grande pyramide, représentation de l’Apu (divinité des montagnes) et associée à la Pachamama ; le Christ en croix est entouré de symbole comme le soleil et la lune, avec à ses pieds le serpent et dans le ciel le condor ; les paysages de fond sont très représentatifs des hauts plateaux des Andes, ou encore de la végétation exubérante de la jungle amazonienne, etc… Ce mélange d’éléments strictement chrétiens et de cosmovision andine est le principal trait de reconnaissance de l’Ecole de Cuzco.
D’autres aspects sont également très caractéristiques : l’absence de perspective (un peu comme l’art médiéval en Europe), le traitement très expressif des sujets (les Christs en croix sont particulièrement forts), les couleurs vives (ainsi que l’utilisation d’or liquide sur les toiles elles-mêmes), certains sujets comme les anges-soldats, et, surtout, l’anonymat complet de la plupart des artistes, dont l’origine indigène ne pouvait évidemment pas être une fierté. Ce n’est qu’avec le temps que le racisme et la discrimination laisseront la place à quelques artistes. Le premier qui s’est fait un nom est Diego Quispe Tito (1611-1681), un jeune descendant de la noblesse inca, qui après avoir suivi un temps le style appelé « maniérisme », donne ses lettres de noblesses à ce qui va devenir l’Ecole de Cusco. Après lui, d’autres comme Basilio de Santa Cruz Pumacallao (1635-1710) ou encore Marcos Zapata (1710-1773), continueront le mouvement artistique. Celui-ci n’étant pas l’apanage des peintres Quechua, natifs, exclusivement, certains métis s’y sont également illustrés : Julio Lopez de Uturrizafa, Juan Espinoza de los Monteros, Lazarro Pardo del Lago, etc. Pour finir, bien que l’Ecole de Cuzco soit née dans l’ancienne capitale impériale, presque toutes les villes péruviennes possèdent des toiles de l’Ecole de Cuzco.