Sous l’étendue herbeuse du Qoricancha, au niveau de l’avenue du Soleil, se tient un petit musée qui retrace certains éléments des cultures inca et pré-incas. Un peu obscur, il mériterait d’être mieux organisé et de mieux mettre en valeur certaines pièces impressionnantes, comme les crânes trépanés qui s’entassent dans le coin d’une vitrine. Les explications sont, par contre, fort intéressantes. Le musée fait partie du billet touristique.