A la derecha de la catedral, la iglesia de la Compañía de Jesús es la segunda cara de la Plaza de Armas. Al igual que la catedral, fue construida por los jesuitas en el sitio del palacio del emperador Huayna Capacc, como símbolo de la dominación española, y más particularmente de la influencia de esta orden religiosa en el Perú de la época: su espléndida fachada la convierte en la rival de la catedral en cuanto a ornamentación barroca, majestuosidad y esplendor. En el interior, las pinturas representan escenas de la vida cotidiana durante el período colonial. También se pueden visitar las catacumbas, debajo del altar principal, que contienen las tumbas de los padres jesuitas más influyentes de su tiempo. El otro detalle interesante de esta iglesia es el acceso al campanario a través de unas escaleras tambaleantes, desde las que la vista es notable.